治療の刺激による一時的なもの
歯の神経は歯の中だけではなく、歯の周りの組織にも通っています。神経を抜く治療は、器具で歯の中に走行している神経を引きちぎるようにして取り除くため、その引きちぎった断面が治るまで痛みを感じることがあります。
歯の根の周りに波及した炎症によるもの
歯の根の周りに波及した炎症で痛みを感じることがあり、状態が落ち着くまで時間を要することがあります。また、治療前に症状が無くても、治療の刺激で一時的に歯の根の周りに炎症が波及することもありますが、根管治療を繰り返し行うことで症状が治まることが多いようです。
神経や細菌が残っていることによるもの
根管の形は人によってそれぞれ異なり、歯の根と同様にまっすぐな形をしていて、器具を使って簡単に治療ができる方もいれば、クモの巣のような網状の形や、枝状に細かく分かれる形、湾曲した形などをしており、器具や薬を使っても治療が難しい方もいます。複雑な形をしており、神経や細菌をすべて取り除くことができなかった場合に、痛みを感じることがあります。この場合、再び根管治療や歯根端切除術が必要となることがあります。
他の部分の不具合によるもの
他のことが原因で起こっている違和感や痛みが、神経を抜いたことによって起きた痛みだと感じることもあります。この場合、適切な治療を受けることで（たとえば、歯の周りの掃除や噛み合わせの調整、隣の歯の治療などで）改善されることがあります。
治療中の事故によるもの
針のような細い治療器具を使うことがあり、それが根の内部で折れたことにより、取り除くまで痛みが生じることがあります。
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