外科的治療
歯周ポケットが6～8ミリ以上になると、奥深く入り込んだプラークや歯石は歯肉を切開して取り除くしか方法がありません。このやり方を「フラップ手術」と呼んでいます。また、「エムドゲイン療法」と呼ばれる骨の再生療法や、人工の骨を入れて歯周ポケットを浅くする治療方法もあります。（歯面清掃用ハンドピース）
薬での治療
最近ではお薬を使った治療方法もあります。「3DS」と呼ばれる治療方法で、自分の歯型のマウスピースを製作し、そこに薬剤を注入して5分ほど装着します。薬が浸透し、歯周病菌の殺菌には効果的だといわれています。（超音波洗浄器）
